Após retornar do passado, Batman e seus aliados descobrem que o mundo não é o mesmo. A ilha do Japão desapareceu, e em seu lugar flutua uma ilha gigante chamada "Hinomoto" sobre Gotham City. No topo dessa ilha, os Yakuza, um grupo de indivíduos superpoderosos que se parecem estranhamente com a Liga da Justiça, reinam sem honra ou humanidade. Agora, cabe a Batman e seus aliados salvar Gotham City.